根管治疗过程中不可避免的会发生器械的分离，通常在弯曲的根管、根尖部分折断的器械，不必强求取出，它之所以折断在根尖部分，应该是根尖遇到了阻力。患者如果是慢性牙髓炎，根尖没有发生病变，这种器械折断不必强行取出，取出反而会造成根管壁折裂。如果发生在根管中段，可以在显微镜的帮助下来进行器械取出，如可以用特殊设备尝试把折断的器械取出，在根尖、根管口的部分可以很容易取出来。此外亦可从折断的器械旁边疏通旁路来进行根管治疗，避开折断器械，仍然可以进行完善的根管治疗。