宫颈纳氏囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，子宫颈转化区内的鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或深入腺管将腺管堵塞，导致腺体分泌物的引流受阻、潴留，形成囊肿。纳氏囊肿也有可能是子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症导致腺管口狭窄，也可引起子宫腺囊肿的形成。子宫腺囊肿通常是不需要处理的，是一个生理性的变化，但深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面看不到异常，表现为子宫颈肥大，这种情况应该和子宫颈的腺癌进行鉴别。