心源性脑栓塞最常见的病因是慢性心房纤颤，老年人由冠心病引起心律失常、房颤，心房的收缩力度下降，不能把血液顺畅排出，就会在心房的内壁形成血栓，血栓脱落，形成脑栓塞；再有就是风湿性心脏瓣膜病、心内膜炎导致心脏赘生物及附壁血栓脱落是导致栓子主要的来源；心肌梗塞、心房黏液瘤、心脏手术，比如瓣膜置换、心脏移植、心脏导管、二尖瓣脱垂和钙化及先天性心脏病，比如房间隔、室间隔缺损以后，静脉的栓子流入动脉，都可以成为脑栓塞的栓子来源。最常见的病因还是房颤，大多数见于老年人，近年来，人们也越来越重视年轻人的卵圆孔未闭、房间隔缺损、室间隔缺损引起的脑栓塞。
