口腔扁平苔藓是一种由于免疫功能紊乱发生在皮肤和黏膜的慢性炎症，到现在为止其病因和发病机制并不明确。可能跟以下几个因素有关：
1、免疫异常：主要是细胞介导局部免疫应答功能紊乱造成；
2、根据扁平苔藓临床观察，最主要是精神因素，有超过50%的病人都有情绪紧张、焦虑这方面因素，由于情绪方面导致机体免疫功能紊乱；
3、激素水平：现在根据内分泌相关研究，发现有一部分口腔扁平苔藓跟雌激素水平异常有关系；
4、感染方面因素：与病毒和幽门螺旋杆菌等有关系；
5、微循环障碍方面：跟微循环障碍和某些高黏血症有关系；
6、跟一部分患者遗传方面因素有关；
7、其他系统性疾病，比方肝炎、糖尿病、高血压、消化功能紊乱等，跟碘、锌、镁等微量元素异常也有一定关系。
因此扁平苔藓的发生病因和发病机制是不同的，尚不明确。
