作为有局限性的脑干胶质瘤，影像学会发现瘤壁、边界，而且偏后方，对于手术能达到的部位可以进行切除，但是切除之后往往患者有功能障碍，有可能症状会加重，比如运动障碍、感觉障碍，眼球运动障碍，通常残余终生的障碍很难恢复。

对于脑干胶质瘤，以前脑干是手术禁区。但现在随着显微镜的应用以及手术技术的提高和改进，脑干部位的肿瘤也可以进行手术，但是并不普及。脑干部位的胶质瘤生长较弥漫，若没有明确边界，这种胶质瘤无法进行手术，只能采取相应放疗或药物治疗。