当专业泌尿外科医生评估患儿肾积水严重程度，并决定需治疗后，通常需通过手术解决。首先根据肾积水原因进行手术。常见尿路梗阻造成肾积水，尿路梗阻可以发生在输尿管、肾脏相连接部位，即需进行相应手术，将连接部位梗阻通过手术切除后，再进行上下端吻合。如果梗阻发生在输尿管和膀胱相连位置，需将狭窄段切除，且做膀胱输尿管再植术。
如果肾积水由膀胱输尿管反流造成，一般单纯进行输尿管再植即可。当然对于严重肾积水，肾功能低下，往往第一次根治性手术效果较差，可先做姑息性手术，即肾脏穿刺造瘘术。等到3个月重新进行肾功能的评估，再决定做肾切除，亦或肾脏肾积水的根治性手术。当然手术可通过开放手术或腹腔镜手术，甚至最先进的机器人手术解决。
