胃肠道间质瘤靶向药物副作用各不相同，无论哪种靶向药物都可能出现副作用。根据患者的体质、耐受情况的因素不同而不同，所产生的副作用及反应也有所差异。最常见的副作用包括恶心、呕吐、疲乏、腹泻等，比如在服用靶向药物之后经常会感到没力气，精神也不好，但绝大多数患者是1-2级的疲乏，平时只要坚持运动、加强营养、改善睡眠质量，就可以慢慢缓解。
另外，患者在接受舒尼替尼和瑞戈非尼的治疗过程中，容易产生手足综合征，这是因为靶向治疗导致手掌、足底等部位出现感觉迟钝，红斑等症状的一种皮肤毒性反应，建议患者使用护肤霜和润肤剂，穿着柔软的衣服和鞋袜，以及戴手套来改善症状。对于2-3级的手足综合征，应暂停靶向药物治疗，症状消失后再恢复治疗。症状严重的患者，需要遵医嘱永久性降低靶向药物的剂量。
胃肠道间质瘤的治疗是一个漫长的过程，安全和疗效同样重要，靶向药物有些副作用可以控制。但严重的副作用可能使患者不耐受，导致治疗中断，甚至危及生命，因此具体用药和对副作用的处理，一定要由医生来做指导。
