小儿原发性输尿管膀胱反流随着年龄的增长，部分可以自愈，而且自愈病例的报道越来越多。无菌尿反流不会造成肾损害，只有感染会造成肾脏损害。

原发性输尿管反流可以采用长期抗生素保护肾脏、预防感染的措施。但并不是所有输尿管反流都仅是保守治疗，部分需要进行手术治疗，适应证主要包括Ⅴ度输尿管反流，合并输尿管异位开口的输尿管反流，膀胱憩室的输尿管开口或有输尿管憩室的系列病变疾病，都需要进行抗反流手术。