如果肾囊肿出现疼痛，则要寻找疼痛的原因，然后针对原因进行对因治疗。肾囊肿常见的疼痛原因，具体如下：

1、囊肿长大到一定程度后，会牵拉肾脏的包膜或者压迫肾盂，这时则会出现疼痛，一般以隐痛为主，因此需要评估肾囊肿的大小和其对肾脏的影响，如果对肾脏有一定影响，则需要处理肾囊肿；

2、如果囊内有出血，病人也会感觉到肾区疼痛，这种情况需要检查出血的量，如果出血量很大，则可能需要外科手术进行干预；

3、囊内出现感染，这时要及时给病人抗感染治疗，经过积极抗感染治疗以后，囊肿的疼痛可以减轻或者消失；

4、出现肾结石时，病人也会出现疼痛，这时需要评估结石的大小、结石的位置等，并判断肾结石应该如何处理。