通常建议会厌囊肿长到一定程度，出现咽喉部异物感、哽噎感或有黏液、血丝时，尽快进行手术治疗。会厌囊肿较小时，未引起任何不适症状，多不影响吞咽与生理功能，可以暂时考虑以观察为主，定期进行电子喉镜检查。如最初可能3个月查一次，如果发现时间较长，建议1-2年复查一次，观察囊肿表面有无变化或囊肿生长速度。

当囊肿长到一定大小时，可引起不适症状，建议尽快进行手术治疗，因为根据会厌囊肿的特点，多数患者易复发。所以，囊肿比较小时，建议可以暂时先观察，当囊肿较大时，建议进行手术治疗。