肝脏微波消融术痛苦较小，相比于外科手术，微波消融术仅有穿刺针针眼，没有切口，因此术后患者很快可以下床活动。另外，手术时一般采用静脉麻醉方法，手术过程中患者感觉不到疼痛，部分情况会使用局部麻醉，局部麻醉患者可能会感觉到疼痛。患者感觉到疼痛时告知医生，医生会给予止痛药，患者一般能够耐受疼痛。

患者手术以后肝区主要是上腹部可能会有轻微疼痛，经过对症处理后可以缓解。如果是肝癌患者，在进行微波消融术后1-2天可以出院，痛苦较少。但如果恢复不顺利，出现感染、出血等情况，需要另当别论，具体情况与并发症相关。