结合临床症状、体征和实验室检查可以诊断肠结核。肠结核是由结核分枝杆菌侵犯肠道引起的慢性特异性感染，是常见的肺外结核之一，也是消化系统结核病中最常见的，大多继发于肺结核，特别是开放性肺结核。

肠结核起病缓慢，临床症状不典型，如果发现以下症状要考虑肠结核，中青年患者有肠外结核，特别是有开放性肺结核，同时伴消化道症状，如慢性腹痛，以脐周及右下腹为主，腹泻、腹胀或者便秘与腹泻交替出现；右下腹包块、局部肿块或肠梗阻；同时伴有午后低热、盗汗、乏力、消瘦等结核中毒症状。此时应去正规医院做进一步的检查以明确诊断，比如实验室检查可有血沉加快、结核菌素试验阳性、大便常规检查隐血阳性、大便结核分枝杆菌涂片或培养阳性等；X线肠道钡餐造影检查发现跳跃征、溃疡等；结肠镜检查以及活检发现干酪性肉芽肿或结核杆菌。