尖锐湿疣治疗方法较多，包括外用药物、物理治疗，如激光或者冷冻，外用药物一般常用鬼臼毒素、咪喹莫特乳膏、5-氟尿嘧啶等，物理治疗主要包括激光、冷冻、光动力治疗、中医中药治疗等等。如果是巨大型尖锐湿疣，可以采用手术切除方法，通常根据皮损大小、部位、多少、患者时间和经济情况进行个体化治疗，有的是联合治疗，包括物理治疗跟药物联合。尖锐湿疣愈后一般良好，治愈率也比较高，但是各种治疗均有复发可能性，通常仅仅物理治疗，复发率更高。光动力治疗复发率较低，因为临床尖锐湿疣呈现三种疾病形态，当物理治疗的时候，比如激光冷冻，仅仅是祛除显性疣体，甚至涂上醋酸白亚临床感染病变，而对于潜伏感染和亚临床感染，可以借助于光动力治疗。光动力治疗往往在疣体周围1cm左右涂光敏剂，通过光的照射，可以达到病变清除的目的，从而减少尖锐湿疣复发。
尖锐湿疣的治疗是一个方面，机体免疫力也是非常重要的方面，因此患者应尽可能地提高机体免疫功能，因为免疫功能增强，尖锐湿疣的亚临床感染就可以转化成潜伏感染，甚至达到病毒清除。目前任何治疗方法都不能完全根除HPV病毒，尖锐湿疣判断的标准是祛除增生疣体、改善症状和体征。一般在治疗后3个月内，治疗部位没有再生疣体即为基本治愈，6-8个月时间没有疣体复发，判断为临床治愈。