真菌性鼻窦炎的治疗方法如下：

1、早期的手术治疗，手术方法和范围应根据病变范围和患者的具体情况而定，侵袭型患者一经确诊应早期行手术治疗，清除鼻腔和鼻窦内真菌病原和坏死，以及不可逆的病变组织，恢复鼻窦的通畅；

2、药物治疗：急性侵袭性真菌性鼻窦炎术后必须用抗真菌药物治疗，手术后鼻腔局部应用糖皮质激素是非常重要的辅助治疗方法；

3、对症支持治疗：包括增强抵抗力、恢复免疫功能、治疗原发病、停用抗生素及免疫抑制剂。