儿童时期的肥胖和成人相比危害更多，儿童时期正处于生长发育的高峰时期，会有生长激素的分泌，尤其是在晚间，儿童睡着后会有生长激素分泌的高峰期，肥胖的儿童受体内血糖和氨基酸的影响，分泌高峰延迟。在早期，肥胖儿童的身高较高，又高又胖，但是经过青春期的发育，在18-20岁时，身高可能不及同龄人。
在儿童时期比较肥胖，可能会影响儿童的心理，如果和别的儿童一起玩，可能会被嘲笑，所以多数肥胖儿童会有比较自卑、胆怯、孤独的性格取向，对儿童心理的发育有一定影响。肥胖的儿童长大以后，发生心血管疾病的概率比正常儿童高，容易发生脑梗、脑出血以及心脏的问题。所以儿童时期的肥胖更应该受到重视和干预。
