任何手术都存在风险，胆管结石手术不例外。简单的胆管结石手术可以通过腹腔镜探查胆管切开取石手术的方式实施，手术一般并发症少，术后恢复快、风险较低，但不代表没有风险，例如会有术中出血、术后胆瘘等并发症发生。但是对于复杂的开腹、多发肝内胆管结石，手术风险可能会随需要切除部分肝脏而风险急剧增加，因为涉及切肝手术，风险难度增加。
肝内多发结石累及多节段胆管，同时合并胆管狭窄的情况，不只是切除胆管结石或切除肝脏那么简单，同时要涉及对狭窄胆管重建以及需要对狭窄胆管和肠道的胆肠吻合，所以对手术操作技术要求更加增高。同时术后发生吻合口瘘、吻合口出血、吻合口狭窄以及术后肠道粘连、腹腔感染等并发症的发生率明显增加。手术存在风险，依据手术切除范围和类型，风险构成不一，所以要认真慎重的对待每一次胆管结石手术。
