肝胆管结石手术时间很难判断，简单肝胆管结石手术时间仅需不到1小时，而复杂的肝胆管结石手术时间需要5-6小时，甚至一次手术无法完全根治，需多次手术才能完成。相比肝内胆管结石，大部分肝外胆管结石治疗比较简单，可通过胆总管切开胆道镜取石或者内镜ERCP方式进行，手术花费时间相对较短。少部分肝外胆管结石合并胆管下段狭窄者需行胆肠内引流手术，时间会相应增加。

而肝内胆管结石较为复杂，不仅存在结石，而且还会造成病变胆管狭窄，甚至引起肝脏萎缩和癌变。这时手术方式不是单纯取出结石，还应注意解除狭窄、通畅引流，必要时通过切除部分肝脏才能达到治疗目的，造成手术时间明显延长。而对于肝内广泛结石患者，有时需要分次进行手术。所以肝内胆管结石患者，需根据手术方式和规模才能确定大概时间。