无论是小婴儿还是儿童，脑炎的预后都与感染病原体、感染部位，是否存在并发症、是否合并其它部位感染、治疗是否及时以及患儿本身免疫状态等密切相关。病毒性脑炎相对治愈率较高，化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎相对治愈率不及病毒性脑炎。

部分脑炎可以遗留后遗症，如癫痫、视力损伤、听觉损伤，失语、肢体瘫痪、认知功能障碍、智力低下等。癫痫发作可以通过正规治疗控制症状，甚至可以达到临床治愈的效果。部分后遗症如肢体瘫痪、认知功能障碍，通过一定程度的训练、康复，可以改善患者生活质量。较少见的脑炎，如流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎，起病相对凶险，病死率较高，治愈率就相对更低。