普通胃镜只能看到病变表面，对于病变来源及胃腔内外情况观察不到，通过完善B超检查，可进一步了解病变来源及与周围组织关系。如近年来发展出来的超声内镜，就是在普通胃镜基础上，在胃镜头端装有超声探头。其既可以通过内镜直观观察消化道腔内形态，同时又可以进行实时超声扫描，以获取管道壁层次的组织学结构特征及周围邻近脏器的超声图像，从而进一步提高内镜和超声的诊断水平。当胃镜检查中发现病变时，将超声内镜贴上去之后，其可以发射出超声波，用超声探头进行检查。比如胃黏膜下长有鼓包、肿瘤，可利用超声胃镜了解病变深度、起源、腔外情况，这是普通胃镜无法观察到的。

此外，在超声内镜的介导下，应用细针穿刺抽取活检，也可明显提高病变确诊率。