灰指甲是医学上的甲真菌病，是各种真菌感染甲板或者甲下组织所导致的甲病，其病因非常明确，即真菌，包括皮肤癣菌、酵母菌和霉菌。同一病甲偶尔可以感染两种或者两种以上真菌，其中最多见的是皮肤癣菌感染所引起的甲病，特指甲癣。

在自然界中致病真菌很多，菌种不同，侵犯部位也不同。真菌分为浅部真菌和深部真菌，浅部真菌是指侵犯表皮、毛发、甲板的真菌引起疾病，即通常所说的癣，比如甲癣以及手癣、足癣、体癣、股癣等。深部真菌是侵犯内脏或者中枢系统的真菌，引起的真菌病为深部真菌病，部分真菌既可以侵犯内脏，也可以侵犯皮肤，如白色念珠菌。