目前国际、国内对蛛网膜囊肿的手术存在一定的争议，囊肿腹腔分流术一般应用于囊肿比较大，引起脑积水，或者有非常严重的压迫症状的患者；通过术前影像学CT、核磁共振的定位，在囊肿内放置一根细引流管，通过皮下隧道一直引流到腹腔，可以将多余的脑脊液流入腹腔，由腹腔内的脏器吸收即可，从而达到治愈目的。
目前临床上常用的手术还包括开颅手术：将蛛网膜囊肿以及囊壁一起切除；内镜微创小骨窗治疗：将囊壁打开，与其它脑池沟通，脑脊液循环通畅后囊肿会自然消失。临床上述术式的总体有效率能够达到90%以上，能够解决临床问题。