鳃裂囊肿必须要治疗，因为该病属于先天性畸形。患儿出生后会在胸锁乳突肌向颈前位置出现漏口，不停向外分泌液体。如果发生感染，进而形成巨大的脓肿，患儿较痛苦。如果脓肿已经形成才到医院就诊，需要做切排手术，患儿切排时会较痛苦。另外，在做根治手术时，做过切排的患儿刀疤会比没做过切排的患儿大2-3倍。

因为囊肿内部瘘管结构被破坏，可能导致手术时间长。解剖层次不清楚会导致手术范围较大，切口感染的风险、复发的风险也较大。没有感染的患儿，建议在1-2岁后到医院咨询，尽量在没有感染时做手术。