子宫内膜异位症最常见部位是卵巢、子宫和宫骶韧带，比较常见的部位有卵巢、子宫、宫骶韧带、子宫壁、壁腹膜和脏腹膜。如果异位病灶位于卵巢，最常见子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿，或异位病灶异位到宫骶韧带上，在进行妇科检查时，患者会有明显触痛感。

内膜异位病灶也可以发生远端转移，比较常见的远端转移有鼻腔。部分患者月经时可伴发鼻子周期性出血，此为内膜异位到鼻腔的原因。此外，比较常见的异位病灶也可异位到肺、膀胱、肾、输卵管，极少数异位病灶会异位到脑部。