正常情况下月经受卵巢分泌的雌、孕激素调控，卵巢分泌雌、孕激素的前提是在卵巢功能正常情况下存在周期性排卵。所以造成雌、孕激素周期性分泌后会出现正常月经。出现巧克力囊肿以后，如果囊肿小＜5cm，没有影响卵巢功能，一般不会出现月经紊乱。
如果巧克力囊肿较大，侵犯正常卵巢组织，影响卵巢功能，则会出现异常子宫出血。患者的月经量多或月经量少，周期可长可短，相当于无排卵性功血的表现。如果出现这种情况，首先应该解决巧克力囊肿，可以进行手术，包括腹腔镜手术与开腹手术行囊肿剥除。在手术基础预防复发。
如果存在生育功能则可以短期内进行人工周期，尽量促进卵泡排出，尽快受孕。如果没有生育要求，为预防巧克力囊肿复发，需口服药物或肌肉注射。此外，宫腔内放曼月乐环，使宫腔持续释放孕激素，避免月经来潮，同样也可用于治疗。因此如果患者出现异常阴道出血，应该及时就医，及时治疗。
