扁桃体最主要的功能是免疫防御功能，能够分泌淋巴细胞和抗体，能够抵御细菌和病毒的感染，位于咽部，是呼吸、说话以及进食的交通要道，当有细菌病毒感染时，扁桃体就起到了防御作用。
所以在儿童时期，通常扁桃体都呈生理性肥大，通常是正常，在10-14岁左右会逐渐萎缩，在成人时免疫防御功能会逐渐减弱、消失。
如果扁桃体反复发炎，因为细菌和病毒使扁桃体形成慢性炎症，带来的症状就比较重，会引起反复发热、咽痛，甚至引起变态反应性疾病，引起关节炎、心脏病或者肾炎等，此时就需要将扁桃体切除。
所以在扁桃体正常的时候，起到保护的作用，但是当扁桃体反复出现炎症，就需要将其切除。
