全飞秒激光和半飞秒激光使用的激光不同，全飞秒激光全程使用飞秒激光，而半飞秒激光只是用飞秒激光制作角膜瓣，镜片的磨削是通过准分子激光完成，所以全飞秒激光比半飞秒激光手术更安全。因为无需制作角膜瓣，不易发生角膜瓣扭转及瓣下混浊、感染，且全飞秒激光手术切口小，术后发生感染可能性低。
但与全飞秒激光相比较，半飞秒激光的优势是可以进行再次切削。全飞秒激光进行二次手术难度较大，但半飞秒激光术后如果由于部分原因需要进行二次手术，则相对比较容易。全飞秒激光因为是最新式手术，相应成本比较高，价格比较贵，半飞秒激光相比较，价位更便宜，但更易发生并发症，且恢复速度更慢。
