腔内的彩色多普勒超声检查，会有一点点不适。比如女性最普遍的一种检查方法，就是经阴道的彩色多普勒超声检查子宫、卵巢、输卵管，以及盆腔的一些情况。因为探头置于阴道内，距离检查的目标非常的近，所以成像很清晰，能够检查非常微小的病变，也是在通常妇科超声检查中最普遍应用的一种检查项目。在检查的过程中，只是略略有一点点感觉，不会有明显的疼痛和不适。

对于少数的女性，如没有结婚、没有性生活，或者出现阴道的出血、阴道做过一些手术等，没有办法进行经阴道的超声检查，就需要采用经直肠的超声检查。在这种情况下，可能会略微有一点不舒服。还有对于男性，前列腺和精囊腺也要做经直肠的超声检查。检查过程中患者需要放松，可以做深呼吸，医生缓缓地将探头在充分耦合的情况下，耦合指的是在表面涂抹上足够的耦合剂，然后再缓慢地进入到直肠腔内进行检查。绝大多数患者都能够耐受这个检查，略有不适，但不会非常的疼痛。