肿瘤发生脑转移时就涉及到转移的鉴别诊断，除肿瘤本身鉴别以外还要与其它良性病变进行鉴别。影像学检查比如脑部CT、核磁共振等检查中会存在特征性改变，脑部感染病灶发生局限性改变以后会形成慢性脓肿，因此也需要与肿瘤进行鉴别；而对于特殊的情况，比如脑部的寄生虫感染，如囊虫或者包虫病，甚至其它的寄生虫，可形成多个独立的病灶，这些病灶有时候也需要与肿瘤进行鉴别，上述均为非肿瘤的情况。
脑部占位中肿瘤鉴别在于占位效应是源自于脑部本身发生的肿瘤，即是原发性肿瘤，还是其它器官肿瘤转移到脑部。单发的肿瘤可能在没有原发灶，或者是其它身体部位发现肿瘤的情况下也不能除外是原发性肿瘤。脑部原发性肿瘤也有不同的种类，最常见的脑胶质瘤、脑膜瘤等。胶质瘤大部分是恶性肿瘤，而脑膜瘤大部分是良性。转移瘤和原发的肿瘤还是存在差别，转移很可能不止存在一个病灶，随着疾病的进展，转移灶越来越多，能够证实可能为转移的肿瘤。
而原发肿瘤也有治疗的方式，原发肿瘤大部分会选择手术进行切除，而转移的肿瘤则可能选择局部放射治疗或者其它特殊的治疗，包括全身治疗等。