宝宝肠胃炎发烧，主要处理方法如下：

1、对因处理：需要明确引起胃肠炎的病因，若是细菌感染，可以给进行抗感染治疗，有助于发热等症状的好转。若是病毒感染，一般不需要特别进行抗病毒治疗，只需等待自然病程即可；

2、对症处理：宝宝肠胃炎时常伴有发烧、呕吐、腹泻、腹痛、腹胀等相关症状。发烧时若体温较高，且有较为明显的不舒服表现。此时可以使用退烧药，3个月以上的宝宝可以使用对乙酰氨基酚，6个月以上的宝宝可以使用布洛芬，建议按照体重计算药物用量，在用药过程中多喝水，这样能够保证正常的退热效果以及用药安全。若有腹泻症状，还需对症进行止泻治疗。若宝宝不愿意接受物理降温的方式，不建议强迫接受，可能会引起不适。若愿意接受也可以配合退烧药，使用温水擦浴、洗温水澡、贴退热贴或调整环境温度等方式，帮助降低体温，缓解不适症状。