良性胃间质瘤通常不会影响患者的寿命。一般胃间质瘤不按照良恶性分，而是按照危险程度分，间质瘤如胃肠道间质瘤可分为极低危、低危、中危和高危。极低危的胃肠道间质瘤危险程度相对较低，便称为良性。

用于评判胃肠道间质瘤危险性程度的因素包括肿瘤的大小、显微镜下核分裂象，以及肿瘤具体部位，包括胃、小肠、结肠或胃肠道以外部位等，均可以帮助评判胃肠道间质瘤的危险程度。对于极低危的胃肠道间质瘤，基本并不会影响患者的预期寿命。