真菌性角膜炎清刮手术，在临床上又被称为角膜病灶切除术或角膜病损切除术。手术大体方法是把被真菌感染的大部分病灶清除，意义在于清除被感染的角膜病灶，减少真菌量，以便进行药物治疗。

通过手术可以把角膜病灶表面坏死组织、脓性分泌物进行清除，以利于药物渗透，缩短病程，让患者尽早康复。手术方式创伤比较低，对于轻症或早期真菌性角膜炎患者，临床建议进行此类手术。同时联合在角膜基质内注射抗真菌药物，如氟康唑、伏立康唑，病程会大大缩短，患者可能在切除术后2-3天溃疡迅速愈合，而且能够保存有用视力。