手术是有一定的风险，但是在专业和专科的医生来操作，风险是可控的。
因为肛周脓肿一般是需要进行局部麻醉，操作比较困难，一般手术以前需要进行腰麻，甚至于全麻。首先术前的麻醉也有一定的风险，手术的过程中，肛周脓肿可以分为低位、高位。
低位手术时，一般损伤括约肌的程度相对比较小，术后肛门的形态、肛门的功能相对都比较正常。高位的脓肿手术时要一次根治，必须把感染的腔隙都彻底引流通，彻底处理内口，只有这种手术方式肛周脓肿才能彻底的治愈。
在进行手术操作的时候，有的腔隙可能绕着整个括约肌、肛门直肠环。如果是不专业的医生，进行一次性彻底切开以后，术后会引起肛门的失禁，这对病人是很大的风险。
专科和专业的医生有一定的方法，比如通过挂线解决肛门直肠环的一次性切断问题，采取这种方式以后，患者的手术风险基本可控。
