肛瘘处于肛门周围，肛瘘和肛周脓肿为一种疾病的两个不同阶段，起始部位在肛门内部，相当于在肛门和直肠之间，通常位于齿线上、下部位，肛瘘的发生通常与排便有关。

70%左右的患者会由于大便次数较多而出现肛门肿胀，当脓肿被划伤后脏物可由此进入。因此处血运较好，组织可快速修复，所以脏物会被封至皮下，导致脏物往外鼓胀。若患者的炎症未得到控制，肛周脓肿继而发生破溃，此时应由外科医生切开引流，形成外口。若外口迁延不愈或反复破溃，则会形成肛瘘。