一般的川崎病对于智力发育没有影响。川崎病主要影响心脏冠状动脉，可引起冠状动脉病变，如合并冠状动脉瘤、冠状动脉扩张、缺血性心脏病，甚至心力衰竭等。川崎病属于儿童获得性心脏病的较主要病因之一，部分川崎病患者血管炎症状较严重，如合并颅内血管炎、心律失常、心力衰竭，甚至形成心腔内血栓等，血栓脱落易导致急性脑梗。

轻微症状如神经系统受累、烦躁、嗜睡，甚至抽搐等无菌性脑膜炎表现，随着川崎病血管炎得道有效控制后，大部分中枢神经系统不会遗留严重后遗症，对智商无明显影响。若表现为颅内出血或合并脑梗，可能会遗留肢体或智力方面损失，对智商造成影响。