卵巢局部的畸胎瘤要进行手术治疗。虽然卵巢畸胎瘤绝大部分是良性，但有可能会发生恶变，所以建议手术治疗。因为一旦卵巢畸胎瘤发生恶性变，对女性的生命就会造成一定的威胁，可能会缩短生命。因此，卵巢畸胎瘤一定要尽快考虑手术治疗。
通常卵巢畸胎瘤的手术方式有开腹手术、腹腔镜手术，其中腹腔镜手术又可分为单孔腹腔镜、多孔腹腔镜。此时建议根据具体情况，决定选择何种手术方式来切除卵巢畸胎瘤。此外，切除的卵巢畸胎瘤要送病理化验才能诊断具体的良、恶性。
此外，若在术中怀疑有恶变，则可送冰冻病理切片，暂停手术0.5小时并等待结果。若结果是恶性则建议扩大手术范围，此时不仅要切除双侧卵巢，还要切除子宫、输卵管等，并且在术后还要做化疗。
但若卵巢畸胎瘤没有恶变，单纯将卵巢畸胎瘤切除即可。此时女性要注意在术后术后加强营养、卧床休息，也建议出院之后定期到医院复查。
