根据美国国立卫生研究院的评判标准，以及根据肿瘤的发生部位、肿瘤大小、肿瘤是否破裂，以及核分裂象计数这四个因素，可以分为极低危、低危、中危和高危四个等级。
以美国国立卫生研究院胃肠道间质瘤共识为基础，提出的风险评估修改版，是目前广泛接受的标准，以下六种情况属于胃肠道间质瘤高危型，一、肿瘤破裂；二、肿瘤>10cm；三、肿瘤的核分裂象计数>10；四、肿瘤>5cm同时核分裂象计数>5；五、原发灶不在胃部，核分裂象计数<5且肿瘤大小在5-10cm；六、原发灶不在胃部、肿瘤大小在2-5cm，同时核分裂象计数>5。
危险度分级是患者是否需要进行辅助治疗的最主要标准，对于后续获得良好的治疗效果非常重要，高危型的胃肠道间质瘤患者需要在术后服用靶向药物。
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