新冠肺炎疫苗一般指新型冠状病毒疫苗，如果患者是慢性甲状腺炎，病情一般比较稳定，可以注射新型冠状病毒疫苗。如果是亚急性甲状腺炎，血沉比较高，触摸甲状腺时有疼痛感，属于炎症活动期，此时免疫比较活跃，注射新型冠状病毒疫苗以后，可能免疫反应比较强烈，引起不良反应，暂时不可以注射新型冠状病毒疫苗。

如果亚急性甲状腺炎处于比较稳定的状态，血沉正常，甲状腺毒症和甲状腺功能低下趋于稳定，可能部分患者甲状腺功能已经有一段时间完全处于正常水平，此时可以注射新型冠状病毒疫苗。如果病情没有稳定或者每天存在发烧症状，不可以注射新型冠状病毒疫苗。血沉恢复正常以及甲状腺功能趋于稳定时，部分患者甲状腺功能可能恢复正常，部分患者现在已经变成甲状腺功能减退症，且已持续一段时间，用药比较稳定，可以注射新型冠状病毒疫苗。慢性甲状腺炎中的桥本甲状腺炎，甲状腺功能处于比较稳定的状态时，也可以注射新型冠状病毒疫苗。