儿童甲亢的病因尚未完全明确，考虑与基因背景、遗传因素、环境因素以及免疫紊乱均有关。目前认为可能有遗传易感基因的人群中，当甲状腺细胞在受到某些环境因素的影响，比如感染、应激、摄入碘过多、精神压力等刺激之下，会促使机体产生甲状腺相关抗体，最后导致甲状腺功能亢进发生。
碘是合成甲状腺素的原料，如果摄入过多碘，容易造成甲亢。正常人的代谢和抗体免疫功能没有问题，不会发生甲亢，由于儿童时期、免疫紊乱或者遗传当因素而导致的甲亢，摄入碘过多可能仅是一个导致甲亢发生的诱因。如果摄入碘过少，即大脖子病，属于甲状腺功能减低的情况。另外，甲亢也会使患者出现甲状腺肿大，进而出现脖子变大的症状。
