根据不同检查部位及不同检查要求，磁共振检查时间不同。一般部位，例如头颅平扫，颈椎、胸椎、腰椎检查，每个部位大约需要10分钟。大关节检查大约需要10-20分钟，上腹部检查需要患者呼吸配合，根据患者屏气情况，检查时间约在20-30分钟不等。如果需要增强扫描，检查时间会相应增加5-10分钟。
磁共振检查全过程需要患者保持受检部位不动，如果遇到患者烦躁或年龄较大患者，会在检查前向患者简单介绍检查步骤，消除紧张情绪，在检查过程中与患者通话，必要时让亲属陪在患者旁边，让亲属握住患者手，增加安全感。
磁共振检查没有辐射，所以基本对身体无伤害。磁共振检查不要带入任何金属物品，存在金属植入物患者需要在检查前告知医生，判断是否可以进行磁共振检查。患者在检查过程中需要放松心态，保持平静，幽闭恐惧症患者一般不能完成磁共振检查。
