女性上厕所时出现小腹痛的常见原因如下：

1、泌尿系感染：包括尿道炎、膀胱炎。由于女性的尿道紧邻阴道和肛门，因此周边的细菌，比如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和变形杆菌，容易沿着尿道外口入侵进入到膀胱，造成膀胱黏膜充血、水肿、溃疡、糜烂，而且表面的感觉神经也因此而外露，变得异常敏感，因此在上厕所小便时膀胱开始收缩诱发疼痛。同时由于整个膀胱中布满糜烂和溃疡，又要努力收缩，此类疼痛有时候会比较剧烈；

2、泌尿道结石：若结石卡在输尿管或尿道，便会造成输尿管和尿道的肌肉剧烈痉挛，因此而诱发疼痛。此时建议患者根据泌尿系B超或CT，判断石头的位置，决定下一步的治疗；

3、其它原因：如果是出现大便方面的问题，建议患者查验大便常规，判断是否为结肠的炎症或肠道的感染。