克罗恩病患者出现肛瘘的发病原因与克罗恩病本身有关。克罗恩病患者的肛瘘外口与内口关系通常不固定，瘘管情况更复杂。简单性肛瘘指低位肛瘘，包括浅表型、低位括约肌间型及低位经括约肌型。仅有单个瘘管，不合并肛周脓肿等；复杂性肛瘘指高位肛瘘，可存在多个瘘管，并可合并肛周脓肿、直肠阴道瘘或肛管、直肠狭窄等。
克罗恩病发生在口腔、食管、胃、小肠、结肠等部位，其中小肠最为常见。该病的临床表现多样化，包括消化道表现、全身性表现、肠外表现以及并发症。
25%-80%的成人克罗恩病患者合并肛周病变，其中肛瘘的患病率为17%-43%。普通肛瘘是指肛隐窝腺源性、非特异性感染性肛瘘，但克罗恩病肛瘘不同，发病原因与克罗恩病本身有关。
