性功能障碍最常见的科室是男科，其次选择泌尿科，再其次选择大外科以及中医内科、中医男科，也可选择心理科。综合性医院有男科的情况下，勃起功能障碍一定要挂男科。如没有男科，可挂泌尿科，若县级医院无泌尿科，只有大外科，就需要挂大外科。中医院、中西医结合医院没有泌尿科，可挂中医男科或中医内科。

特殊的科室也可挂，如焦虑、抑郁或有其它的情绪障碍，同时出现勃起功能障碍，建议挂心理科或精神科，做详细的精神心理方面分析，判断是否因为精神、情绪或心理焦虑、抑郁等心理问题引起勃起障碍。