消化不良本身不会导致宝宝发烧，但如果消化不良的宝宝伴有肠道感染，会出现发烧。由于儿童肠道较长，成人肠道长度相当于人体身高4倍，而宝宝小肠长度相当于身高的5-7倍，所以儿童肠道相对较长。同时黏膜娇嫩，血管比较丰富，容易受到细菌、病毒等侵袭。

消化不完全的食物也容易被宝宝吸收，所以宝宝肠道容易受到各种因素影响。若宝宝肠道伴有病毒感染，如常见的婴儿腹泻，则会出现发烧。此时应到医院化验便常规，查看是否为轮状病毒感染，并及时进行治疗。