人体各部位均可能生长肿瘤，而部分肿瘤的病因尚未明确，包括颅骨肿瘤。大部分颅骨肿瘤是良性肿瘤，形成原因包括内源性原因和外因。引起颅骨肿瘤的外因尚未明确，但部分引起肿瘤的共同原因可能也参与颅骨肿瘤形成，如电离辐射。

频繁进行X线检查、CT检查，或离手机基站等辐射源较近，甚至长期使用手机，均可为造成电离辐射的原因。此外，环境中的致癌物质，如黄曲霉素、霉变食物、腌制食物等，均可为颅骨肿瘤在内的肿瘤共同外生性原因。而内源性原因是遗传性因素，可与体内部分特异性基因结合有关。