鼻窦霉菌手术过程不痛苦，因为现在手术基本是在全身麻醉下进行，医生常和患者说闭眼睛睡觉即可，故手术过程中无痛苦。

而在手术结束，麻醉苏醒后，患者鼻腔要填塞止血材料，如果不填塞，患者鼻腔会出血，且填塞的材料不能填太少，填太少创面有渗血。而在填塞材料时，患者会有痛苦，大概维持时间是1-2天或2-3天。等填塞材料取出后，患者没有太多不适感觉。