肛周脓肿和肛瘘是同一疾病的两个阶段，肛周脓肿是急性发作期，脓腔中有许多脓液，都是从肛窦感染而来。如果脓肿破溃后流脓，经过2-3个月后，脓腔缩窄变成管道，这时才是肛瘘。肛瘘是由肛门中一个内口和外边破溃的外口，还有肛周潜行的瘘管组成。肛瘘与肛周脓肿都是肛窦感染疾病，但是一个疾病的不同阶段，因此并不完全相同。

肛周脓肿是急性期，而且脓没有排出来，因此扩张的可能更大，会侵犯周围正常组织，发病急，进展快，而且破坏性较大。到肛瘘阶段，脓已经排出，已经形成管道，由肛门内排到肛门外管道，这时急性期已经过去，属于慢性期，脓液能够及时排出，但是，如果外口封闭，脓液可能向其它正常组织扩散，也非常危险。因此，肛周脓肿和肛瘘都需要及时手术治疗。