检查粪便的常用方法有以下几种：

1、白细胞检查：如果白细胞升高，提示可能有肠道感染；

2、潜血试验：可以判断是否存在消化道出血；

3、粪便检查：可以观察粪便中各种细菌的比例，也可以进行粪便培养，此外可进行粪便虫卵检查，检查是否存在寄生虫感染；

4、幽门螺杆菌检查：帮助检测粪便中的幽门螺杆菌抗原；

5、难辨梭菌检查：对于经常出现腹泻，特别是近期应用大量抗生素的患者，可以进行粪便难辨梭菌检查，判断是否存在特殊问题；

6、早癌筛查：如DNA甲基化检查可以判断发生结肠癌的可能性，如果早癌筛查标记为阳性，需要进一步做结肠镜检查明确诊断。