急性肝功能衰竭的治疗中重要的是早期诊断、早期治疗，找到病因、综合治疗。急性肝功能衰竭的治疗首先是病因治疗，需要找到发生肝功能衰竭的原因。如果是病毒性肝炎，需要尽早进行抗病毒治疗；如果患者因妊娠引起急性脂肪肝应该要迅速终止妊娠。

病因解决后应针对急性肝功能衰竭并发症，如肝性脑病、脑水肿等进行治疗。尤其是肝性脑病患者，脑水肿可导致患者出现意识问题。此时需气管插管、颅内压检测、防止癫痫发作，也可需用到甘露醇降颅压、乳果糖降低血氨。所有急性肝功能衰竭的患者均存在感染细菌或真菌的风险，这时需考虑预防性使用抗生素，甚至有可能需要应用抗真菌药物。