泌尿系统结石的治疗，主要根据结石的位置、大小和成分决定。对于比较小的泌尿系统结石，例如＜0.6cm的结石，可以通过多饮水、多排尿，以及药物治疗将结石排出体外。如果结石较大，>0.6cm且已经形成泌尿系统梗阻，坠入输尿管，形成肾脏积水,则可以通过体外碎石及体内碎石的技术，将结石爆破，形成小的结石团块，再排出体外。

尿液过度浓缩后，会在肾脏形成尿液结晶、结石团块，如果是尿酸、胱氨酸等结石，可以使用碱化尿液的方式将结石溶掉，然后排出体外。如果结石较硬，特别是钙盐性结石，可以通过体外震波碎石的技术，以及体内输尿管镜、输尿管软镜、经皮肾镜碎石的办法，将结石显露。然后用激光等方式将结石打碎，打碎的小结石通过水冲的作用可以排出体外。另外部分辅助用药，包括中药制剂，均有利于结石的溶石和排石。