脑积水是否能够自愈，目前在临床上存在争议。以目前经验来说，大多数脑积水无法自愈，个别脑积水患者去除原发病后，脑脊液循环可能恢复正常，比如个别颅内感染患者，在感染得以较好控制后，脑脊液分泌量会减少，故脑脊液循环通路可能会再通，此类患者无需分流术治疗，但其所占比例较少。大部分的脑积水患者，最终需要通过手术进行治疗。
脑积水的手术主要有内镜和分流两种方式，内镜对于脑积水的治疗，其效果目前仍然有争议，单纯内镜造瘘术后，部分患者尤其是在儿童患者，很可能复发，因为孩子的大脑在内镜造瘘术后，后期可能会自行堵塞。若希望获得远期比较稳定的缓解，目前首选分流术的方式。分流术的主要方式包括脑室-腹腔分流术和腰大池-腹腔分流术，其中首选脑室-腹腔分流术，因为腰大池-腹腔分流术后，后期分流管堵塞的可能性较高，同时患者可能会出现小脑扁桃体下疝等并发症，而脑室-腹腔分流术堵塞的可能性远远低于腰大池-腹腔分流术。
